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在一块 5000 多年前的「口香糖」里,科学家提取出了完整的人类基因组

生活

2019-12-18 17:15

在丹麦南部的一个考古遗迹里,一位哥本哈根大学的的学生捡起了一块灰黑灰黑的「口香糖」,跑到副教授 Hannes Schroeder 面前问

我们能从这里提取出 DNA 信息吗?

虽然此前从没试过,但 Schroeder 并没有拒绝去尝试。于是,我们得以在 12 月 17 日的 《自然通讯(Nature Communications)》上读到一块 5000 多年前的「口香糖」所隐藏的故事。

▲ 5000 多岁的「口香糖」

这块「口香糖」其实是一块被咀嚼过的桦树胶,主要通过将桦树皮加热后制成。Schroeder 在论文中指出,这种小块的有机物在斯堪的纳维亚的考古遗迹里还挺常见的,研究推测它们主要用于黏合石器工具。

研究人员经常会在这些物质上找到古人留下的牙印,他们认为这是因为胶质在冷却后会硬化,如果古人想使用,还得先咀嚼一番。与此同时,也有证据指向桦树胶的医疗作用,因为其中含有天然抗菌质,可能被用于治疗口腔以及其它疾病。

也正是因为其天然抗菌性和疏水性,这块口香糖很好地保留了咀嚼者的 DNA 和口腔微生物菌群信息。据研究,这口香糖里的 DNA 信息质量简直和保留完好的牙齿和骨头里的信息一样高。

通过这些信息,Schroeder 的团队构建了咀嚼者完整的基因组,并由此推断出咀嚼者是一位肤色偏深,长着深棕色头发和蓝眼睛的女性,祖先是来自欧洲大陆的狩猎采集者。

▲ 研究人员通过基因信息还原的咀嚼者形象,身边还有貌似被吃掉的绿头鸭和榛子,图自 《连线》

一般从进化角度来说,大家普遍认为欧洲北部居民很早就是浅色肤色和发色,因为这更有利于在寒冷阴暗的环境下制造维生素 D。而这次的研究结果,却指向这种表征是在近 5000 年里才形成的。

除此以外,研究人员还发现这个女孩患有乳糖不耐症。这也符合此前研究,学界认为人类是在进入畜牧业后才逐渐发展出消化乳制品的能力。

特别有趣的是,这次研究人员从「口香糖」里找到的基因信息有 60% 多不是人类的,其中能辨别出的归属对象分别是桦树、榛子和绿头鸭。

桦树就很好理解了,因为胶本身就是桦树皮。至于榛子和绿头鸭,研究者推断它们应该是咀嚼者嚼「口香糖」之前吃的东西。除了「口香糖」本身,研究人员在遗址环境里也找到了这两样生物的痕迹,且此前也有研究指出斯堪的纳维亚居民会收集榛子来吃。

除了 DNA 信息,这块「口香糖」还提供了特别的「口腔微生物群快照」。

▲ 研究人员以前都是从牙结石里找微生物信息,图片来自 Sepsis

在此之前,研究学者曾在牙齿结石中找到古人类口腔微生物的信息。不过,牙结石保存的信息大多代表了长期的综合情况,而这块胶上留下的痕迹却能提供更具有「时效」的微生物信息,能作为研究的一种补充材料。

总的来说,Schroeder 和学生的一时好奇,为考古研究人员发掘了一个全新的研究信息来源。

哈佛大学的分子考古学家 Christina Warinner 认为,这是一种充满创意的获取古人基因信息的方式,她为这小小一块树胶里所包含的基因信息量之大而感到惊讶。

很多时候,我们在一些物件里找到人类基因,但通常都是非常非常小量。

在她看来,随着科技快速发展,科学家应该多试着去研究我们从前并没有想象过会有用的东西:

我们开始意识到,原来,被保留下的东西比我们想象中多多了。

这启发了我去开始寻找更多不寻常的东西(来研究),我们也许能在它们里面找到有趣的信息。

题图来自 《连线》

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